Tradycja duszpasterstw akademickich sięga XIV w., kiedy w Krakowie powstał pierwszy uniwersytet. Ich rozwój nastąpił w dwudziestoleciu międzywojennym. 4 stycznia 1928 r. abp Aleksander Kakowski erygował Duszpasterstwo Akademickie w Warszawie przy kościele św. Anny. Pierwszym duszpasterzem został ks. Edward Szwajnic. Kolejne powstały w Poznaniu, Wilnie, Krakowie i Lublinie.

W czasie II wojny światowej duszpasterstwa działały w konspiracji. Ich celem było objęcie posługą duszpasterską przede wszystkim studentów i pracowników wyższych uczelni. Już w 1945 r. w Poznaniu odbył się pierwszy zjazd duszpasterzy akademickich, zaś w 1946 r. Episkopat Polski podjął decyzję, że duszpasterstwa będą funkcjonować jako odrębna instytucja kościelna. W 1953 r. powstała Komisja Krajowa Duszpasterstwa Akademickiego, której zadaniem było koordynowanie pracy duszpasterskiej w środowisku akademickim w ramach całej Polski. W maju 1953 r. Konferencja Episkopatu Polski zatwierdziła Wytyczne pracy Duszpasterstwa Akademickiego, w których stwierdzano, że Duszpasterstwo Akademickie jest urzędem kościelnym, powoływanym przez ordynariusza. Wytyczne zostały uzupełnione w 1967 r. – powstał wówczas Regulamin Duszpasterstwa Akademickiego, zaś w 1971 r. Statut Duszpasterstwa Akademickiego